慢性肝炎の原因として、毒物や薬物の反復的かつ長期的な誤摂取、細菌やウイルス等の感染症、自己免疫性障害など考えられますが、イヌの場合しばしば原因を特定するのは困難であり、不明のまま治療を開始するケースが少なくありません。こうした原因不明の慢性肝炎を、医学専門用語では"特発性慢性肝炎"と呼んでいます。
なお、とあるテリア種では遺伝的に銅が肝臓に蓄積しやすく、これに原因して肝炎を生じる可能性が知られています。また、ドーベルマンやコッカー･スパニエルでは、遺伝的素因によって、特発性慢性肝炎を発症しやすいことが知られています。
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